La capacité des laboratoires de diagnostic à détecter et à caractériser les agents infectieux, et donc à soutenir la prévention et la gestion des menaces sanitaires, est souvent limitée par le manque de personnel qualifié, de protocoles et de méthodologies de laboratoire précis et cohérents, et de systèmes d'échange rapide de données. Ces déficiences des laboratoires nationaux peuvent conduire à des diagnostics erronés et à des réponses inappropriées aux situations d'urgence sanitaire à l'interface entre l'animal et l'homme. Pour combler ces lacunes, la FAO a élaboré en 2010 l'outil de cartographie FAO (LMT) dans le cadre d'un projet quinquennal visant à renforcer les capacités des laboratoires en matière de détection et de diagnostic précoce des maladies, permettant une réponse rapide aux problèmes émergents, dans le cadre du programme Menaces pandémiques émergentes (EPT) financé par l'USAID.
Le LMT de la FAO est un outil standardisé qui permet de réaliser une évaluation semi-quantitative des fonctionnalités et des capacités des laboratoires. Le LMT de la FAO peut fournir des preuves objectives et une évaluation plus précise des lacunes des laboratoires de diagnostic, et identifier les besoins de développement des capacités. Il peut aider à élaborer des plans stratégiques qui correspondront aux besoins des laboratoires individuels, nationaux et régionaux. L'outil sert également à établir une base de référence pour le statut des laboratoires avant l'intervention, ce qui permet de mesurer avec précision les progrès et l'impact après l'intervention. L'évaluation est réalisée au moyen d'un questionnaire détaillé et standardisé, qui peut être appliqué par un évaluateur externe ou par auto-évaluation et peut donc être utilisé par tout laboratoire vétérinaire dans toute région ou par tout partenaire au développement travaillant au renforcement des capacités des laboratoires vétérinaires. L'outil permet de générer un profil de laboratoire ou « carte » basé sur le calcul automatique des notes déterminées. Le LMT de la FAO est une famille d'outils : le LMT-core permet d'évaluer les capacités et les aptitudes générales des laboratoires. La famille FAO-LMT s'est encore élargie avec la publication en 2016 du deuxième module du LMT pour l'évaluation standardisée de la sécurité environnementale des laboratoires vétérinaires et des risques professionnels : le module LMT-Sécurité (LMT-Safety). Le LMT-AMR de la FAO élaboré en 2017 évalue la capacité des laboratoires à détecter la résistance aux antimicrobiens (AMR). Les modules du LMT de la FAO pour l'assurance qualité et les menaces biologiques sont actuellement en cours d’élaboration.
Cet outil s'est déjà révélé utile aux pays et régions ainsi qu'à leurs partenaires techniques et financiers en mesurant l'évolution du profil des laboratoires et en contrôlant les capacités des laboratoires nationaux et régionaux pour l'identification des priorités d'intervention. Le LMT de la FAO est utilisé comme outil de gestion de projet, mais les directeurs de laboratoire se sont montrés intéressés à l'utiliser également ; il dispose d'un outil d'auto-évaluation pour mesurer les progrès et les aider à prendre des décisions dans leur laboratoire. Depuis 2010, le LMT de la FAO a été appliqué pendant plusieurs années consécutives dans plus de 39 pays, pour un total d'environ 250 évaluations et évaluations de suivi. Afin de former les laboratoires à l'utilisation de l'outil pour leur auto-évaluation et de garantir que les évaluations du LMT sont effectuées de manière harmonisée pour que les compilations nationales, régionales et mondiales puissent être réalisées, la FAO a formé des évaluateurs nationaux de LMT à l'utilisation correcte de l'outil afin qu'ils puissent ensuite auto-évaluer leur propre laboratoire de manière indépendante en suivant une approche harmonisée. L'outil est disponible gratuitement en ligne, et la communauté des évaluateurs LMT permettra sa mise en œuvre harmonisée dans d'autres pays du monde.